En 1825 se inician las rebeliones de la etnia Yaqui.

En 1832 se organiza la rebelión encabezada por Juan Banderas, quien proclamó la Independencia de la Confederación India de Sonora (incluía a Ópatas y Mayos).

1859 es el año de la insurrección donde participan indígenas Pimas y no fue sofocada sino hasta el exterminio casi total de Yaquis y Mayos en 1868.

De 1869-1875 se desarrolla la ofensiva encabezada por José Ma. Leyva Cajeme que terminó después de una dura ofensiva.

1887-1897. Captura y ejecución de Cajeme, pero continua la lucha guerrillera con un nuevo jefe, Juan Maldonado Tetabiate; en este año se llega a un acuerdo de paz que no fue respetado por las autoridades.

Muerto Tetabiate en 1901, le suceden los jefes Luis Bule, Ignacio Mori, Luis Espinoza y Luis Matuz. Este período conocido como las guerras del Yaqui, constituyó para este grupo un proceso de merma demográfica, pérdida de su territorio y desajustes políticos, aprovechados por la oligarquía para continuar con la colonización del valle mediante el deslinde y repartición de tierras.

En el Porfiriato se intensificó la ofensiva genocida y miles de Yaquis fueron deportados a Yucatán y Quintana Roo y vendidos como esclavos. Los que lograban huir se refugiaban en Arizona, Estados Unidos.

Es conocida la participación de los Yaquis en el conflicto revolucionario, su intervención fue definitiva en la lucha constitucionalista cuyo jefe había prometido la restitución de su territorio al final de la guerra. Sin embargo, al no cumplir la promesa Álvaro Obregón se desata otra insurrección que se prolonga hasta fines de 1929, cuando Emilio Portes Gil firma un convenio de paz con el grupo.

La división entre militaristas o colaboradores del ejército constitucionalista y civilistas o broncos, permitió a éstos últimos dar a conocer sus reinvicaciones y también aparecer como obstáculo a la lógica económica, según la cuál las tierras del Valle del Yaqui debían ser explotadas en forma masiva con los métodos modernos.

Mediante los acuerdos establecidos con Lázaro Cárdenas se les ratifica la posesión de 485,235 hectáreas reconocidas como territorio exclusivo.

Otro de los acuerdos de 1937 fue la pérdida de dos poblados tradicionales que quedaron en manos de población mestiza, Cócorit y Bácum, restableciéndose los ocho pueblos con la fundación de Loma de Guamuchil y Loma de Bácum. Con la política de Cárdenas se puso fin a los enfrentamientos armados y comenzó una nueva etapa de reintegración cuyos primeros efectos fueron el retorno de miles de Yaquis a su territorio.

Como dato importante es necesario señalar la existencia de dos plebiscitos entre la tribu Yaqui, uno efectuado en 1958 y el segundo en 1966, con el propósito de allanar las diferencias entre los civilistas y los militaristas, ya que unos buscaban la municipalización del territorio y otros en que se mantuviera la misma estructura tradicional de los ocho pueblos.