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Los acontecimientos que sacudían a México impedían el establecimiento de un poder local eficaz en Sonora. El poder central estaba en aquel entonces en manos de conservadores centralistas (José Justo Corro, posteriormente el general Anastasio Bustamante) quienes revisaron de forma irregular la Constitución de 1824 a fin de restablecer un gobierno centralista.
Por eso mismo, el estado de Sonora se volvió tan sólo un departamento donde la oposición entre partidarios del federalismo y partidarios del centralismo se tradujo de manera diversa y con frecuencia de modo contradictorio. Estas distorsiones favorecieron conductas oportunistas que vinieron a insertarse en los constantes desajustes entre los poderes local y central. Tal fue el caso de Manuel María Gándara, gobernador del estado, que supo de modo hábil y durante mucho tiempo explotar esta situación, sobre todo contra el general (federalista) José Urrea, comandante militar del departamento.
Urrea protestó con energía contra las modificaciones aportadas a la Constitución. Por medio del Plan de Arizpe del 27 de diciembre de 1827, invitó a la nación a exigir su propio restablecimiento.
En un principio, Gándara apoyó el Plan de Arizpe, pero cuando Urrea aspiró al puesto de gobernador del estado, lo cual lo colocaba en situación difícil, se adhirió al movimiento centralista. A
veces gobernador, pero también a veces expulsado de su puesto por adversarios políticos (federalistas y/o centralistas), Gándara buscó el apoyo de los indios de Sonora, sobre todo de los yaquis, cada vez que necesitó un sostén político a nivel local e incluso a nivel nacional; fue el primero en introducir a los indios como recurso en el juego político.
José F. Velasco señala que Gándara apeló a los yaquis y a los ópatas de Nacameri en 1838 para triunfar; promovió la guerra de castas y nuevamente apeló al mismo procedimiento durante la rebelión de 1842 a 1844 que encabezó en contra de Urrea.
Durante la lucha por el poder en la que se oponían Urrea y Gándara, los yaquis se pronunciaron en favor de este último. En respuesta, el general Urrea desencadenó una ofensiva en el centro de la región yaqui, tratando a los indios muy cruel y duramente, y sacrificando sin piedad un gran número de ellos.
El alcalde mayor de los ocho pueblos se quejó al gobierno supremo de la crueldad del general, que no sólo mataba a los indios, sino que los despojó de las salinas que habían disfrutado desde siempre.
Así, las fuerzas indias, unidas a las de Gándara, le permitieron volver a ocupar su puesto en el poder local. Al sostenerlo, los yaquis no hicieron una elección política; sostuvieron a un hombre que, de manera oportunista, no dudó en afirmar:
"Declaro que ni aborrezco ni amo el sistema federal ni el centralismo (...) Me adheriré a uno u otro sistema tan luego como cualquiera de ellos sea adoptado por la Nación y montado sobre él el gobierno de mi patria".
A pesar de sus numerosos giros políticos, los yaquis sostuvieron siempre a Gándara. No se puede decir que siempre lo apoyaron a cambio de algunas promesas relativas a la cuestión del territorio, ya que los documentos relacionados con este asunto no son suficientes. Si se dejan aparte estas hipotéticas promesas se puede considerar que, sin hacer una verdadera elección política en el sentido habitual del término, los yaquis desarrollaron una cierta política al apoyar a Gándara.
